1、确定评价目的
对物流系统进行综合评价，是为了从总体上把握物流系统现状，寻找物流系统的薄弱环节，明确物流系统的改善方向。为此，应将物流系统各项评价指标的实际值与设定的基准值相比较，以显现现实系统与基准系统的差别，基难值的设定通常有下列三种方式：
(1)以物流系统运行的目标值为基准值，评价物流系统对预期目标的实现程度，寻找实际与目标的差距所在；
(2)以物流系统运行的历史值为基准值，评价物流系统的发展趋势，从中发现薄弱环节；
(3)以同行业的标准值、平均水平值或先进水平值为基准值，评价物流系统在同类系统中的地位，从而寻找出改善物流系统的潜力。
2、建立评价指标体系
从系统的观点来看，系统的评价指标体系是由若干个单项评价指标组成的有机整体。它应反映出评价目的的要求，并尽量做到全面、合理、科学、实用。为此，在建立物流系统综合评价的指标体系时，应选择有代表性的物流系统特征值指标，以便从总体上反映物流系统的现状，发现存在的主要问题，明确改善方向。
3、选择评价方法和模型
(1)评价指标多且划分为不同层次，可通过逐级综合得出对各部分的评价及对系统的总体评价结果。
(2)由于管理基础工作等方面的原因，有些指标无法精确量化；同时由于物流系统是多属性的物流系统，评价结果用一个数值来表示不够全面和精确，对物流系统的评价一般采用综合评价方法。因而对各指标进行登记评价具有一定的模糊性，通常采用模糊集理论对物流系统进行评价。
